遠くの空に消えた

のどかな田舎にある馬酔村に、ある日転校生として、村に持ち上がっている空港建設計画の責任者として国から派遣された楠木雄一郎（三浦友和）の息子・亮介（神木隆之介）がやってくる。都会的な亮介はクラスの女子の人気者となるが、一日で人気者の地位を奪われた地元の悪ガキ・土田公平（ささの友間）は面白くない。二人は取っ組み合いの喧嘩をするが、肥溜めに落ち引き分けになる。その帰り、二人は空に向かい呪文を唱えている少女を見かける。呆然とする亮介と公平に少女は、UFOの存在を信じるか聞いてきた。彼女の名はヒハル（大後寿々花）。父はUFOに連れ去られたと信じ、ずっと父を乗せたUFOが迎えに来るのを待っていた。その頃村では、空港建設反対派を雄一郎は金で買収しようとし、推進派に寝返ったり、町を出て行ったりする者が現れた。そんな大人たちの醜い争いに、子供たちも巻き込まれ始めていた。亮介は強引な雄一郎のやり方に反発する。亮介、公平、ヒハルの三人にとっては、秘密の丘で星を見ながらUFOを待つのが、唯一平穏で楽しい時間だった。しかし、ヒハルは父が二度と帰ってこないことに少しずつ気づき始めており、悲しみの影が日々増していく。子供から大人への一歩を踏み出しかけた三人は、現実が夢の砦をむしばんでいく恐怖に、まだ目を向けられないでいた。雄一郎と反対派リーダー・天童（石橋蓮司）の対立や卑劣な手で雄一郎を追い出そうとするトバ（田中哲司）の企み、子供たちの仲間割れは激化。もうこれ以上、大人たちに振り回されたくないと亮介と公平が思い始めた時、丘の上の秘密基地が誰かに壊され、ヒハルが転落、大怪我を負う事件が起きる。唯一の心の支えだった場所を奪われ、同時に父と再会する希望も失ってしまったヒハル。そんなヒハルに何もしてあげられないという無力感に打ちひしがれる亮介と公平は、ヒハルの夢を叶えるために、大切な村を守るために、あるいたずらを思いつく……